Ο ναός γνώρισε μεγάλες καταστροφές από τους Τούρκους. Ανακαινίστηκε και πάλι κατά την σύντομη παραμονή των Βενετών (1684 - 1699) από τον Λυβέριο Λυμπεράκη. Στα 1756 καταστράφηκε ολοσχερώς. Ο ναός που κοσμούσε την πόλη αποτεφρώθηκε και η σπουδαία του βιβλιοθήκη αποτέλεσε αντικείμενο της πιο βάρβαρης λεηλασίας. Η καταστροφή αυτή, αποτυπώθηκε ως "Χαλασιά του Καρπενησίου". Ξαναχτίστηκε πάλι πάνω στα θεμέλια της και στην αρχική της μορφή. Στις 20 Ιουνίου του 1821 οι Τούρκοι την έκαψαν και πάλι όπως και όλες της εκκλησίες της πόλης. Η Αγία Τριάδα όμως άντεξε χάρη στην ασβεστολιθόχτιση δομή της. Έμεινε με γκρεμισμένο τον τρούλο της και ένα μέρος της στέγης της και επισκευάστηκε. Το 1961 έγινε η τελευταία ανακαίνισή της.